Το 1820 ο Παπαφλέσσας με εντολή του Υψηλάντη ταξίδεψε στην Ελλάδα, για να ανάψει τη σπίθα της επανάστασης στην Πελοπόννησο. Ο αρχιμανδρίτης, για να πείσει πρόκριτους, λαό και κλήρο να πάρουν μέρος στον Αγώνα, χρησιμοποίησε μεταξύ άλλων πολλά τεχνάσματα και πλαστά έγγραφα.  Ανάμεσα στις κρίσιμες αποφάσεις που κλήθηκε να λάβει μετέπειτα ως υπουργός, ήταν και για τη φυλάκιση του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη και των συντρόφων του.